Vous jouez le rôle de Date, un détective enquêtant sur une mystèrieuse série de meurtres. Il sera accompagné par une autre personnage jouable nommé Iris, jeune étudiante de 18 ans célèbre sur YouTube. Tout au long du jeu, vous naviguerez dans les souvenirs des gens pour résoudre des affaires.
999 : Nine Hours, Nine Persons, Nine Doors est un jeu de puzzle/ visual novel où l'on suit Junpei, kidnappé et enfermé dans un navire à l'abandon avec huit autres personnes. Ensemble, ils ont neuf heures pour accomplir le Nonary Game et trouver la porte n°9, ou le bateau coulera et tous mourront.